Již ve 14. století stál ve středu obce dřevený kostel sv. Jana Evangelisty, na jehož místě byla později postavena novogotická kaple Panny Marie. Dnešní kostel sv. Markéty stojí o samotě na vrchu západně nad Šonovem. Jeho stavba byla zahájena roku 1726 a dokončena pravděpodobně o čtyři roky později. Také zde je autorství připisováno Kiliánu Ignáci Dientzenhoferovi.

Kostel je zajímavě orientován štítovou zdí s věžemi směrem k broumovskému klášteru, který odtud můžeme vidět. Základem půdorysu kostela je protáhlý osmiúhelník, k šesti kratším stranám tvořícím oba závěry se řadí další prostory. U vstupního průčelí dvojice hranolových věží se široce rozklenutým vstupním blokem mezi nimi a na konci dvě sakristie s kněžištěm uprostřed. Stavba má celkem šest vchodů, z toho tři vedou do předsíně kostela a tři do lodi. Původně měl kostel celkem čtyři zvony, většina však byla zrekvírována za první světové války. V roce 1927 byly nově pořízeny tři zvony, které zhotovila broumovská zvonařská dílna Octava Wintera. I ty však byly, až na jeden, během druhé světové války zabaveny a zvon, který zůstal, byl později převezen na věž klášterního kostela v Broumově. Interiér šonovského kostela byl značně poškozen a rozkraden. Přesto se zde bohoslužby již opět konají.